詳細については、マイクロソフトのホームページで確認できますが、配置先に違いがあります。
１）ClickOnceインストーラでインストールした場合
配置先は、ユーザーごとに存在する「C:\Documents and Settings\＜ユーザー名＞\Apps\2.0」配下のアプリケーションごとのClickOnceキャッシュ領域（「ClickOnceアプリケーション・ストア」とも呼ばれる）
※Windows7の場合は、上の「C:\Documents and Settings」ではなく「C:\ユーザ」
しかも、配置先は隠しフォルダとなっているので、通常は見えません。
２）Windowsインストーラでインストールした場合
「C:\Program Files」フォルダの中
※64ビットOSの場合は「C:\Program Files(x86)」フォルダの中
◆マルチユーザー環境へのインストール
マルチユーザー環境で使用しているパソコンでは、ClickOnceインストーラを用いた場合、ユーザーごとにインストールする必要がありますが、Windowsインストーラを用いた場合は、１回のインストールで全てのユーザーに対してインストールすることができます。
◆ClickOnceインストーラ使用のデメリット
ClickOnceインストーラを用いた場合、同じユーザーでも、再インストールを行うと配置先フォルダが変わってしまいます。そのため、タスクスケジューラへの登録ができません。（スタートアップへの登録はできます。）
◆ClickOnceインストーラ使用のメリット
メリットもあります。ClickOnceは、開発者にとって非常に扱いやすく、WEBを利用したアプリケーションのインストール＆自動アップデートサービスが簡単に構築できるため、いちいち、ベクターで最新リリースがあるか確認して頂かなくても、アプリケーションを起動すると「アップデートするかどうか」尋ねるダイアログを表示させることができます。（※弊社では、将来的なことも考えてこの方法も検討しています。）
